Le club est fondé en 1897 sous le nom de Bordeaux Université Club (BUC) par de jeunes étudiants en médecine.

Ce dernier fusionne en 1901 avec le Stade bordelais, fondé en 1889, pour former le « Stade Bordelais Université Club » (SBUC).

Cependant cette fusion est une amère déception pour le jeune secrétaire du BUC, le futur docteur Paul Fournial, qui, dès la fin de son service militaire, décide de créer en 1903, un authentique club réservé aux étudiants afin de contrer ce Stade bordelais « qui se dit universitaire » : le « Bordeaux Étudiants Club » (BEC), section sportive de l’Association générale des étudiants de Bordeaux.

Cela fait de lui le plus ancien club universitaire de France, ainsi qu’un des plus vieux clubs de Bordeaux avec le Stade bordelais et les Girondins de Bordeaux.